Lilia złotogłów podlega ścisłej ochronie prawnej. Gatunek ten najczęściej można spotkać w żyznych lasach liściastych, głównie grądach, choć spotyka się również w lasach mieszanych oraz na zrębach. Niegdyś gatunek ten był dużo częściej spotykany, obecnie jest nieco rzadszy - głównie ze względu na skurczenie się powierzchni grądów jak i ze względu na jej niszczenie - zrywanie kwiatów oraz wykopywanie cebulek.
W niektórych regionach kraju zdarzają się miejsca gdzie jeszcze jest dość liczny. Lilia złotogłów jest rośliną trującą, niegdyś wykorzystywana była w medycynie ludowej.